گروه تحقيقات مالاريا و ناقلين در سال 1379 به سرپرستي جناب آقاي دكتر نويد دين پرست جديد و سركار خانم دكتر صديقه ذاكري در بخش بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران پايه گذاري شد. در سال 1386 به عنوان بخش مستقل در مركز تحقيقات بيوتكنولوژي مورد تأييد قرار گرفت.

اهداف بخش مشتمل بر همكاري و هماهنگي با برنامه ملي حذف مالاريا، دانشگاه­ها و مراكز تحقيقاتي داخلي و خارجي، سازمان جهاني بهداشت و ديگر سازمان­هاي بين المللي مي­باشد. در حال حاضر اين بخش در 2 سايت انستيتو پاستور تهران و همچنين مجتمع توليدي كرج مستقر بوده و به عنوان آزمايشگاه مرجع كشوري مولكولي مالاريا و مركز همكاري سازمان جهاني بهداشت براي تحقيق و آموزش بيماريهاي ناقل زاد فعاليت مي­نمايد.

این مرکز در سال 1392 با برقراری سیستم مدیریت کیفیت بر اساس استاندارد ISIRI-ISO15189موفق به کسب عنوان "آزمايشگاه مرجع کشوری مولكولي مالاريا" از طرف آزمایشگاه مرجع سلامت گردید تا بتواند با رعایت استانداردهای بین المللی، قادر به ارائه خدمات تخصصی به مردم عزیز کشور ایران باشد.