با توجه به اينكه باكتري ها نقش مهمي در سلامت جامعه ايفا مي نمايند، کلکسیون میکروبی ایران در راستاي كمك به امور پژوهشي كشور در زمينه سلامت و ارتقاء سطح بهداشت ایران در سال 1388 در انستیتو پاستور ایران راه اندازی گردید.

این کلکسیون تعدادی از باکتریهای استاندارد را جمع آوری و نگهداری نموده و آنها را در اختیار محققان در موسسات مختلف و شرکتهای مرتبط در ایران قرار می دهد. اهداف کلکسیون میکروبی ایران شامل فراهم آوردن امکان انجام انواع تحقیقات پایه و کاربردی در زمینه های مختلف، تامین سویه های مورد نیاز در پروژه های تحقیقاتی، صنعتی و پزشکی و همچنین همکاری با آزمایشگاه های مرجع و سازمان های بهداشتی به منظور کنترل کیفی آزمایشگاه می باشد.